Es herrschen vergleichsweise ruhige Zeiten in der Galaxie. Es ist acht Jahre her, dass das Imperium in der Schlacht von Endor besiegt wurde.

Nachdem Kyle Katarn den Tod seines Vaters gerächt und den dunklen Jedi Jarec besiegt hat, beschließt er, sich von der Macht loszusagen, um nicht von der dunklen Seite verführt zu werden. Aus dieser Angst heraus, hat Kyle sein Lichtschwert in den Ruhestand versetzt und schlägt sich als Söldner durch. Doch als eine neue Bedrohung für die Galaxie auftaucht, weiß Kyle, dass er nicht länger untätig bleiben kann und Verantwortung übernehmen muss. Der Spieler übernimmt die Rolle von Kyle und setzt verschiedene Waffen, sein Lichtschwert und die Macht ein, um die Gefahr abzuwenden.