Wir schreiben das Jahr 1939 und der Beginn des Zweiten Weltkriegs steht kurz bevor. Schon bald könnten die Nazis eine Waffe erhalten, die noch gefährlicher als die Atombombe ist. Nur Indy kann sie stoppen und verhindern, dass das tödliche Geheimnis enthüllt wird, das schon den Untergang von Atlantis verursacht hat.

In Indiana Jones and the Fate of Atlantis übernimmst du die Rolle des berühmten Archäologen und Abenteurers Indiana Jones, der versucht, das sagenumwobene Atlantis zu finden und zu erkunden. Nazi-Agenten, die die Kräfte von Atlantis gegen die nichtsahnende Welt einsetzen wollen, sind ihm direkt auf den Fersen ... oder haben sie ihn sogar schon hinter sich gelassen?

Hier kommst du ins Spiel: Du steuerst Indy (und gelegentlich auch seine ehemalige Kollegin Sophia Hapgood, die jetzt als Medium arbeitet) auf seiner Suche nach Atlantis. Zwischendurch muss Indy auch ein Auto fahren, auf einem Kamel reiten, einen Ballon steuern, ein U-Boot bedienen sowie Maschinen aus Atlantis reparieren und benutzen. Darüber hinaus gibt es Unmengen mysteriöser Rätsel zu lösen und reichlich gefährliche Begegnungen zu überleben. Mit deinem Verstand, deinen Fäusten und deiner treuen Begleiterin lässt du Indy schließlich das wahre Schicksal von Atlantis enthüllen!